המילה כנסייה, באנגלית Church, מקורה מהמילה היוונית kyrios שפירושה "אדון" ומהבסיס ההודו-אירופי kewe שפירושו "להיות חזק". משמעויות של המילה בימינו כוללות "קהילה דתית", "סמכות דתית כנבדלת מהחילונית" ו-"המקצוע של כוהן דת; כהונה דתית".
המילה כנסייה אינה נמצאת בשימוש רק על-ידי ארגונים נוצריים. כנסיות היו בנמצא עשירות אלפי שנים לפני הנצרות, והנצרות עצמה התקוממה כנגד הכנסייה הרשמית. בשימוש מודרני, אנשים בעולם מדברים על הכנסייה הבודהיסטית או הכנסייה המוסלמית, בהתייחסם באופן כללי לכלל קבוצת המאמינים במסורת דתית מסויימת.
כנסייה היא קהילה של מאמינים שמחזיקים במשותף מערכת של אמונות ומנהגים דתיים קדושים שבהם הם שואפים להתגבר על הבעיות הגדולות ביותר של החיים.
בשנות החמישים, סיינטולוגים נוכחו לדעת שהטכנולוגיה של ל. רון האברד ותוצאותיה עסקו ישירות בשחרורה של רוח האדם, ושמודעות רוחנית גבוהה יותר הושגה בדרך שיגרה. לא היתה שאלה במוחם שהם עסקו בפעילות דתית. לכן, בשנות ה-50 המוקדמות, הם החליטו שכנסייה צריכה להיווצר כדי לשרת טוב יותר את צרכיהם הרוחניים. ארגון הסיינטולוגיה הראשון נרשם כתאגיד בשנת 1954.
לפיכך, סיינטולוגיה היא דת, והשימוש במילה 'כנסייה' כאשר מתייחסים לסיינטולוגיה הינו נכון.