המאבק עם רשות מס ההכנסה האמריקאית (IRS) נפתר לבסוף בעין יפה ב-1 באוקטובר 1993. ביום זה מס ההכנסה האמריקאי הנפיק מכתבים המכירים בארגון הסיינטולוגיה הבינלאומי והארגונים המקורבים אליו כארגונים – כל ה-150 מהם – פטורים ממס תחת סעיף 501(c)(3) של תקנון מס ההכנסה.
זיהוי זה סימן את סופו של קונפליקט בן ארבעים שנים בין הארגון ומס ההכנסה האמריקאי. הוא הגיע לאחר בחינה חסרת תקדים בת שנתיים של היקף ועומק, שמקיפה את כל פעילויות ארגון הסיינטולוגיה מסביב לעולם. היא הסתיימה עם הנפקת מכתבי פסיקה המכירים בסטטוס הפטור ממס ונדיב-הלב של ארגון הסיינטולוגיה הבינלאומי, ארגון האם של דת הסיינטולוגיה ו-150 מרכזים וארגוני שיפור חברתי נוספים.
פסק הדין של מס ההכנסה האמריקאי קבע זאת:
1. ארגוני הסיינטולוגיה ומוסדות הצדקה והחינוך שקשורים להם פועלים באופן אקסקלוסיבי למטרות צדקה ודת.
2. ארגוני הסיינטולוגיה ומוסדות הצדקה והחינוך שקשורים להם פועלים לטובת הציבור ולא לטובת אנשים פרטיים.
3. בשום חלק מההכנסה נטו של ארגוני סיינטולוגיה אלה ומוסדות הצדקה והחינוך שקשורים אליהם לא נעשה שימוש לטובת יחיד או גוף שאינו למטרת צדקה.
4. שום חלק מהפעילויות של ארגון הסיינטולוגיה לא כולל השתתפות בשום קמפיין למשרד ציבורי.
5. המטרה של ארגונים אלה לא מפרה מדיניות ציבורית בסיסית.
משרד מס ההכנסה האמריקאי גם קבע שארגוני הסיינטולוגיה מוגדרים ככנסייה תחת קריטריון שדורש את קיומם של תורה דתית מבוססת, ספרות דתית והיסטוריה דתית, הכשירות וההסמכה לכמורה של יועצים רוחניים וקהילה דתית של מאמינים.
הפניות, החומרים התומכים ושאלות משרד מס ההכנסה והתכתובת לפסק הדין ב-1993 זמינים לבדיקה ציבורית והיו זמינים מאז שפסק הדין הונפק ב-1 באוקטובר 1993. מסמכים אלה תופסים יותר מארבעה מטר ולמעשה מייצגים את התיעוד המנהלי הגדול ביותר של כל מועמד לפטור.
