משום שסיינטולוגיה היא דת צעירה יחסית, לרוב הסיינטולוגים יש קרובי משפחה שאינם סיינטולוגים. הארגון מעודד את חבריו ועוזר להם לשמור על יחסים מצויינים עם משפחתם, בין אם קרוביהם הם סיינטולוגים או לא. למעשה, היחסים בין סיינטולוג למשפחתו בדרך-כלל משתפרים לאחר שהוא מתחיל לעסוק בסיינטולוגיה, שכן הוא רוכש אמצעים לשיפור התקשורת ולפתירת בעיות שהיו קיימות בעבר.
הארגון עושה מאמצים רבים על מנת לגשר על מחלוקות משפחתיות אם הן עולות. לדוגמה, צ'פלין של סיינטולוגיה יעזור לחברי המשפחה לעבוד יחד כדי לגלות את המקור האמיתי למחלוקות שלהם. חברים ומשפחה של סיינטולוגים תמיד מוזמנים לבקר בארגון, לפגוש סיינטולוגים ולקבל תשובות לכל שאלה שיש להם לגבי סיינטולוגיה. בין אם חברי המשפחה הופכים לסיינטולוגים או לא, הסיינטולוגים מתגאים בכמות הבעיות והקונפליקטים המשפחתיים שנפתרו.