מערכת האתיקה של סיינטולוגיה מבוססת לחלוטין על היגיון.
ל. רון האברד הגדיר אתיקה בתור "היגיון והחשיבה על הישרדות אופטימלית". כמו כן הוא ציין: "התנהגות לא ישרה היא לא הישרדותית. כל דבר שמביא להרס של אנשים וקבוצות או מונע את עתידו של הגזע הוא לא הגיוני או שהוא רע".
ניתן להגדיר אתיקה כ-"פעולות שהאדם מחליט בעצמו לבצע, כדי להבטיח את הישרדותו המתמשכת לאורך הדינמיקות". זהו דבר אישי. כשמישהו אתי הוא עושה זאת בעצמו, מתוך בחירה.
מערכת האתיקה בסיינטולוגיה כוללת טכנולוגיה שנקראת 'נוסחאות מצבי הפעולה'. ל. רון האברד גילה שישנם מספר מצבי קיום שונים ושלכל מצב קיום יש נוסחה מדויקת שמתאימה לו. אדם יכול להחליט באיזה מצב פעולה נמצא כל תחום בחיים שלו ואז ליישם נוסחה כדי לשפר את המצב באופן מיידי. פשוט ככל שישמע, לפעולות האלה יש כוח רב והן אפשרו למיליוני אנשים לשפר את חייהם בצורה שמעולם לא נחשבה לאפשרית קודם.
חלק נוסף במערכת האתיקה של סיינטולוגיה הוא סוג של אודיטינג שנקרא 'נוהל וידוי'. במשך זמן רב האדם חיפש כלים שיאפשרו לו לתקן את דרכיו. כבר בשנת 500 לפנה"ס, דתות הכירו בכך שוידוי משחרר את האדם מבחינה רוחנית מהנטל שבחטא. בסיינטולוגיה התגלה ש-'נוהל וידוי' מסייע לאדם שביצע עבירות נגד התקנון המוסרי של עצמו ושל הקבוצה שלו להפטר מהנטל, להרגיש שוב טוב בקשר לעצמו ולחזור לתרום לקבוצה.
ל. רון האברד כתב:
"שום אדם שבעצמו אינו ישר לא יכול להיות חופשי – הוא המלכודת של עצמו. כשלא ניתן לחשוף את המעשים שלו, הוא אסיר. הוא חייב להימנע מכל מגע עם חבריו, והוא עֶבד למצפונו שלו."
אלה הם רק שניים משפע הכלים של טכנולוגיית אתיקה שקיימים בסיינטולוגיה.
